Certaines applications sont lancées au démarrage de Windows, dans les sections load= et run= de win.ini ou dans le Menu Démarrer\Programmes\Démarrage\. Mais d'autres, comme certains anti-virus, bannières publicitaires, ou encore lecteurs de médias, sont lancés par l'intermédiaire de la base de registres et sont mentionnés dans la clé: HKEY_LOCAL_MACHINE\ SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run. On peut donc y supprimer certains indésirables. Attention toutefois à ne pas éliminer les éléments du système qui s'y trouvent, comme la barre des tâches (systray.exe).