Par défaut, Thunderbird conserve les messages effacés dans ses fichiers de stockage au format MBOX. Pour ne pas exporter des messages supprimés, vous devez nettoyer la base des messages en la compactant.
Commencez par supprimer les messages qui sont dans votre corbeille. Cliquez pour cela dessus avec le bouton droit de la souris et choisissez la commande Vider cette corbeille maintenant.
Cliquez ensuite avec le bouton droit de la souris sur le dossier Courrier entrant. Dans le menu qui apparaît, choisissez la commande Compacter.
L'espace utilisé par les messages supprimés est alors récupéré et vos messages effacés définitivement supprimés. Recommencez l'opération pour les autres dossiers et sous-dossiers.